는 벼슬에 올랐고, 보우 스님의 뒤를 이어 봉은사 주지가 되었다.
1556년 벼슬을 맡는 것은 승려의 본분이 아니라고 생각한 서산 대사는 승직에서 물러나 금강산, 묘향산, 두류산 등을 두루 돌아다니며 불법을 닦았다.
1589년 <정감록>에 의하여 정여립이 왕위에 오른다는 유언비어를 퍼뜨려 역모를 꾀한 정여립 역모 사건이 일어났다. 그 역모에 가담한 승려 무업이 서산 대사도 이 역모에 가담했다고 모함하여 제자인 사명 대사와 함께 옥에 갇혔으나 곧 무죄임이 밝혀져 풀려났다.
1592년 임진왜란이 일어나자 선조 임금의 부름을 받은 서산 대사는 승병을 모으는 한편 전국 사찰에 글을 보내 승려들이 나라를 구하는 일에 앞장서도록 하였다. 이에 제자 처영은 지리산에서 승병을 모아 권율 밑에서 왜군과 싸웠고, 사명 대사는 금강산에서 승병을 모아 평양으로 왔다. 순안 법흥사에서 사명 대사와 합류한 서산 대사는 승병을 이끌고 명나라 군사와 함께 평양성을 되찾았다. 그 공으로 '팔도선교도총섭'이라는 직책을 받았다. 그러나 나이가 많음을 이유로 제자 사명 대사에게 자리를 물려주고 묘향산에 들어가 나라의 평안을 기원하였다.
1594년 서산 대사는 선조가 서울로 돌아온다는 소식을 듣고 승병 7백 명을 이끌고 개성에 나아가 선조를 호위하여 맞아하였다. 이때 선조는 서산 대사에게 '국일도 대선사선교도총섭 부종수교 보제등계존자'라는 최고 존칭과 함께 정2품 당상관 작위를 내려 나라에 대한 공과 불교에서의 덕을 칭찬하였다.
서산 대사는 1604년 묘향산 원적암에서 85세의 나이로 세상을 떠났다.